O microscópio especular permite observar a camada mais interna da córnea, chamada de endotelial.
Esta camada é constituída por células cuja principal função é regular o conteúdo em água do estroma corneano, sendo esta função fundamental para a manutenção da transparência corneana.
A observação do endotélio corneano com o microscópio especular, permite analisar a morfologia e qualidade das células endoteliais e realizar a sua contagem, avaliando o grau de compromisso da função endotelial.